Od augusta 1966. do septembra 1969. Muzej je proveo veliki projekt arheoloških iskopavanja i istraživanja na prostoru Cima. Radovi tokom 1966. imali su uglavnom sondažni karakter, s ciljem da se ustanove obim, vrsta i karakter lokaliteta.

Potvrđene su pretpostavke o postojanju kasnoantičke bazilike sa kraja V i početka VI vijeka. Tada je SO Mostar, na traženje Muzeja, otkupila zemljište od vlasnika i krenula sa radovima.  Od 1967. do septembra 1969. izvršeno je sistematsko arheološko iskopavanje. 

Krajem 1969. i početkom 1970. stručnjaci Zavoda za zaštitu spomenika kulture Bosne i Hercegovine iz Sarajeva, pod nadzorom i u saradnji sa stručnjacima Muzeja Hercegovine u Mostaru, izveli su konzervatorsko-restauratorske radove na bazilici. Konzervaciju su finansirali SO Mostar i Zavod za zaštitu spomenika kulture Bosne i Hercegovine.  Arheološki radovi na bazilici trajali su četiri godine.  Dio pokretnog arheološkog materijala, kamena plastika, novac, naušnice, keramika, željezo, staklo pohranjen je u Muzeju Hercegovine. Do danas veći dio nalaza nije sačuvan.

2022. godine otpočeli su novi arheološki radovi istražnog revizijskog karaktera na kasnoantičkoj bazilici u Cimu. Komisija za očuvanje nacionalnih spomenika je na sjednici održanoj 20. januara 2004. godine donije odluka da Arheološko područje Kasnoantička bazilika u Cimu proglašava se nacionalnim spomenikom Bosne i Hercegovine.